ffmpeg -f lavfi -i "amovie=arquivo_original.flv,pan=stereo: c0=c1: c1=c1" -i arquivo_original.flv -map 0:0 -map 1:0 -vcodec copy -acodec libfaac arquivo_final.mp4
Para entender melhor a sintaxe:
A primeira parte do comando causa bastante estranheza, mas tem uma explicação. -f lavfi -i "amovie=arquivo_original.flv,pan=stereo: c0=c1: c1=c1" indica para o FFMPEG que o arquivo de entrada na verdade é um filtro do libav e logo em seguida passa as opções para o mesmo. Neste caso é a biblioteca que abre o arquivo e não o FFMPEG em si, por isso a sintaxe um pouco estranha. pan=stereo: c0=c1: c1=c1 indica como será o balanceamento do áudio, onde c0 é o canal esquerdo e c1 é o canal direito. Como queremos que o canal direito seja usado nos dois lados do áudio indicamos c0=c1 e c1=c1.
O resto é familiar. -i arquivo_original.flv abre o segundo arquivo que servirá como fonte de vídeo, -map 0:0 -map 1:0 aponta qual stream será o de vídeo e o de áudio, -vcodec copy -acodec libfaac os codecs utilizados e por fim o nome do arquivo final.